Muzeum zostało założone w 1971 r., mieści się w obrębie południowo-zachodniego pawilonu i części podpiwniczenia południowego skrzydła zabudowań klasztornych. Muzeum gromadzi przedmioty zabytkowe z utraconych po drugiej wojnie światowej klasztorów wschodnich, a także z innych klasztorów Prowincji. Są to przede wszystkim zbiory obrazów, rzeźb i wytworów rzemiosła artystycznego. Zbiory pochodzą ze Lwowa, Sokala, Zbaraża, Gwoźdźca, Husiatyna, Krystynopola, a także z Kalwarii Zebrzydowskiej, Krakowa, Tarnowa, Opatowa Kieleckiego, Łęczycy, Skępego, Radecznicy i Leżajska. Są tu również pamiątki z innych klasztorów bernardyńskich znajdujących się na terenie Polski. W 15 salach ekspozycyjnych zgromadzono ponad 1500 eksponatów z działów: malarstwo religijne oraz portrety sarmackie, rzeźba religijna, skarbiec, lapidaria, misjonaria, szaty liturgiczne i izba pamięci. W muzeum można również podziwiać przepiękne manuskrypty z iluminacjami oraz bezcenne starodruki z klasztornej biblioteki posiadającej ponad 24.000 woluminów.
Bazylika Zwiastowania NMP i klasztor bernardynów w Leżajsku to jeden z najcenniejszych zabytków architektury kościelnej z przełomu renesansu i baroku. Obecną świątynię wzniesiono w latach 1618-28 z fundacji marszałka wielkiego koronnego Łukasza z Bnina Opalińskiego i jego żony Anny z Pileckich Opalińskiej. Budową świątyni kierował architekt włoskiego pochodzenia Antonio Pellaccini przy współpracy Szymona Sarockiego. Według legendy w znalezieniu odpowiedniej lokalizacji i planu świątyni pomogły kępki rumianku, które pewnego dnia o świcie zauważono w lesie. Pojawienie się kwiecia w tym miejscu zostało odczytane jako cud.
