Zbiory muzeum liczą ponad 80 tysięcy muzealiów, a uzupełniają je bogate materiały naukowe i pomocnicze, biblioteka posiada liczący 35.000 księgozbiór, w tym 98 rękopisów, ok. 400 starodruków i 600 pozycji zbiorów kartograficznych. Dział Archeologii gromadzi zabytki archeologiczne z wszystkich epok i okresów prehistorycznych, począwszy od paleolitu górnego oraz ze średniowiecza. Dział Etnografii obejmuje dawną i współczesną sztukę ludową. Liczny jest zbiór przedmiotów o charakterze użytkowym (narzędzia rolnicze, sprzęty, ubiory), wyrobów związanych z obrzędowością wsi (pisanki, szopki, obrzędowe pieczywo) i ceramiki, zwłaszcza huculskiej. Dział sztuki gromadzi dawną i współczesną sztukę, zwłaszcza twórców związanych z terenem wschodniej Małopolski m in. malarstwo polskie i obce, cenny zbiór ikon XV-XX w., grafika, rysunek, rzeźba, rzemiosło artystyczne, medalierstwo, militaria.
Trzy kondygnacje Muzeum mieszczą sale wystawowe o łącznej powierzchni ponad 1200 metrów kwadratowych oraz salę audytoryjną dla około 200 widzów. W budynku znajduje się biblioteka, pomieszczenia gościnne, magazyny zbiorów muzealnych, a także kiosk z pamiątkami i wydawnictwami muzealnymi oraz kawiarnia. W salach ekspozycyjnych prezentowane są muzealia z dziedziny archeologii, etnografii i sztuki. Obiekt jest dostosowany dla potrzeb osób niepełnosprawnych.
