Muzeum znajduje się w parterowym budynku, obok klasztoru. Najstarszą i najbogatszą kolekcję Muzeum misyjnego stanowią zbiory z Afryki. Część z nich pochodzi z placówki krakowskiej sióstr klawerianek. Pierwsza wzmianka o istniejącym tam muzeum afrykańskim znajduje się w „Echu z Afryki z 1900 r. Muzeum zgromadziło około 1000 eksponatów, obrazujących życie i kulturę narodów żyjących na 4 kontynentach. W Muzeum znajdują się, między innymi, przedmioty codziennego użytku z krajów egzotycznych, jak: naczynia na wodę, miski, talerze, koszyki, maty, grzebienie, wykonane z traw, liści palmowych, rafii, drewna i skóry. Można tu zobaczyć ciekawą biżuterię, instrumenty muzyczne, broń myśliwską, przedmioty wykonane z traw, liści palmowych, rafii, drewna i skóry, ubiory noszone na różnych kontynentach, ciekawe malowidła, eksponaty świata zwierzęcego i wiele innych zbiorów.
Najbogatsza i najstarsza wystawa to zbiór pochodzący z Afryki. Można tutaj zobaczyć przedmioty codziennego użytku wykonane z materiału takiego jak tykwa, trawa „raffia” czy zwykłe drewno. Część muzyczną reprezentują różnego rodzaju bębny, grzechotki, dzwoneczki, instrument szarpany wydający dźwięki małego pianina czy też gitara wykonana z łupiny orzecha kokosowego. Bogatą kolekcję stanowi biżuteria z nasion owoców, koralików, mosiądzu, trawy i muszelek, czy przeróżne rzeźby wykonane z czarnego hebanu. Można zobaczyć także broń i trofea myśliwskie oraz ciekawe okazy przyrodnicze. Bardzo interesujące są przedmioty kultu związane z obrzędami i wierzeniami, takie jak maski, fetysze i rzeźby antropomorficzne liczące ponad sto lat. Interesującą częścią wystawy są zabawki wykonane własnoręcznie przez dzieci oraz eksponaty przybliżające afrykańską szkołę.
