Ośrodek mieści się w dawnym więzieniu, które powstało w latach 1826-1828 i funkcję więzienia pełniło do lat 70-tych XX wieku. Początkowo w okresie Królestwa Kongresowego, jako więzienie polskie, obejmowało początkowo wyżej położone pawilony. Pod zaborem rosyjskim w latach 1863-66 oraz 1905-08 przebywało tu wielu więźniów politycznych. Najbardziej tragicznym okresem w dziejach wiezienia były lata 1939-1956. We wrześniu 1939 r. Nocą 9 września 1939 r. w masakrze sprowokowanej przez niemieckich strażników 19 jeńców zostało zastrzelonych i około 40 rannych. Do końca okupacji przez więzienie przeszło około 16 tys. więźniów. Jednorazowo przebywało w gmachu przy Zamkowej ok. 2 tys. ludzi, przy pojemności więzienia ok. 400 osób. Więźniowie przebywali w strasznej ciasnocie, byli głodzeni, maltretowani, zabijani na terenie więzienia, wywożeni na rozstrzelanie, wywożeni do obozów koncentracyjnych i na przymusowe roboty. Kaplicę więzienną gestapowcy zmienili na izbę tortur.
W dwóch salach eksponowane są kopie dokumentów, grypsów, relacje, zdjęcia a także podobizny dowódców partyzanckich, broń, narzędzia tortur gestapo ilustrujące dzieje więzienia 1939-1956 i losy więźniów. Muzeum obejmuje również zachowane w pierwotnym stanie karcery, wieżyczkę strażniczą oraz zaułek między ścianą więzienia i zewnętrznym murem, gdzie rozstrzeliwano więźniów. W jednej z sal zachowano w sklepieniu hak służący do wykonywania wyroków śmierci przez powieszenie.
