Muzeum mieści się na terenie Podzamcza dawnego Zamku Krzyżackiego, w dwóch budynkach: dawnej Słodowni, popularnie zwanej Podzamczem oraz w Gimnazjum. Muzeum zajmuje się zbieraniem materiałów dotyczących historii miasta Elbląga i okolic, główną część jego zbiorów stanowią eksponaty z Elbląga, Żuław, Pomorza i krajów północnoeuropejskich. Wśród eksponatów Muzeum znajdują się: cynowe naczynia z XVI-XVIII w., barokowe, wyroby złotnicze z warsztatów pomorskich, elbląska i holenderska ceramika biała, zdobiona kobaltem (naczynia, kafle, piece kaflowe), kolekcja kartuszy herbowych elbląskiego patrycjatu miejskiego z XVII-XIX w., intarsjowane meble, elbląskie starodruki, archiwalia, plany miasta, militaria z XII-XV w., dokumenty i pamiątki po osadnikach przesiedlonych do Elbląga w latach 1945-1947, ze wschodnich terenów Polski.
Na dziedzińcu Muzeum można obejrzeć zrekonstruowany, na podstawie badań Marka Jagodzińskiego (odkrywcy Truso), dom wikingów z Truso. Truso to wczesnośredniowieczna osada, legendarny port opisany w IX w. przez króla Anglii Alfreda Wielkiego, zamieszkany przez wiele narodowości, wczesnośredniowieczne centrum handlowe utrzymujące kontakty z najdalszymi zakątkami Europy.
