Muzeum gromadzi zbiory w dwóch podstawowych działach: historycznym i archeologicznym. W dziale historycznym gromadzone są eksponaty i archiwalia dotyczące historii Przasnysza i regionu ze szczególnym uwzględnieniem dziejów rzemiosła i handlu. Do najcenniejszych zabytków zaliczyć należy sztandary cechów przasnyskich z XIX i 1. połowy XX w. Zbiory ikonograficzne reprezentują m.in. obrazy z plenerów malarskich, obrazy olejne Olgierda Vetesco, płaskorzeźby Edmunda Majkowskiego i grafiki Wojciecha Ciesielskiego z cyklu Stary Przasnysz. Zabytki archeologiczne pochodzą zarówno z przypadkowych znalezisk jak też prac wykopaliskowych prowadzonych w Przasnyszu i okolicy. Są wśród nich neolityczne siekierki, toporki, groty krzemienne i kamienne, odłupki krzemienne, naczynia ceramiczne kultury łużyckiej i przeworskiej, średniowieczne topory bojowe i groty do włóczni oraz naczynia aptekarskie z XVII w.
Obok wystaw Muzeum Historyczne organizuje spotkania autorskie i promocje książek, a od 2002 r. odbywają się w nim spotkania miejscowego środowiska literackiego, tzw. "Stragany z poezją". Muzeum dzieli swój lokal z Towarzystwem Przyjaciół Ziemi Przasnyskiej i wspólnie z nim uczestniczy w wielu przedsięwzięciach kulturalnych na terenie miasta i powiatu.
