Muzeum powstało w 1960 r. Dom Mikołaja Kopernika zajmuje dwie gotyckie kamieniczki. W przeszłości należały one do krakowskiego kupca Mikołaja Kopernika, który przybył do Torunia około 1456 r. i tu ożenił się, z pochodzącą z patrycjuszowskiej rodziny Barbarą Watzenrode. Domy te są uważane za przypuszczalne miejsce narodzin Astronoma. Na zbiory poświęcone Mikołajowi Kopernikowi przeznaczono dwie sąsiadujące kamienice przy ulicy Kopernika 15/17, we wnętrzach których prezentowane są wystawy stałe poświęcone życiu uczonego: "Mikołaj Kopernik – życie i dzieło", "Pracownia uczonego", "Makieta miasta Torunia z czasów M. Kopernika" (projekcje światło-dźwięku, wersje: polska, angielska, esperanto, francuska, hiszpańska, niemiecka, rosyjska, włoska). Kamienice należące do Muzeum wyróżniają się nie tylko urodą ale również jednością stylistyczną. Odwiedzający je goście mogą zapoznać się z: życiem i dziełem Mikołaja Kopernika, z wnętrzami mieszczańskimi od XVI do XIX w., z wyglądem średniowiecznego Torunia (makieta) oraz z piernikarstwem toruńskim.
Wystawa Mikołaj Kopernik - życie i dzieło, prezentuje świat, dom i środowisko rodzinne, lata nauki, wreszcie lata twórczej samotności we Fromborku (przerywanej tylko niekiedy pełnieniem ważnych funkcji kapitulnych i wystąpieniami publicznymi) wielkiego Astronoma - i jednocześnie skromnego kanonika warmińskiej kapituły katedralnej. Wystawa składa się z 6 części, z których każda tworzy odrębną całość zawartą w poszczególnych wnętrzach dwutraktowej kamieniczki.
