Muzeum mieści się budynku dawnej Stacji Hydrobiologicznej. W tym nowoczesnym obiekcie można poznać na wskroś jezioro Wigry – od głębin i żyjących w nich organizmów aż po malownicze, nadwodne pejzaże. Zwiedzanie rozpoczyna się od wystawy poświęconej działalności Stacji Hydrobiologicznej przed wybuchem drugiej wojny światowej. Są tu zgromadzone między innymi publikacje naukowe zawierające wyniki badań pracowników stacji, w tym jej założyciela i kierownika - dr Alfreda Lityńskiego. Biegnący obok wiwarium korytarz doprowadza do wnętrza lodowca. Makieta fragmentu lodowca posiada dioramy z trójwymiarowymi zdjęciami śnieżno-lodowych pustyń, takich jakie tu były w epoce lodowcowej. Przy lodowcu jest prezentowany krótki film o kształtowaniu się nadwigierskiego krajobrazu. Dalsza część wystawy poświęcona jest głębinom jeziora Wigry. Środkową cześć zajmuje "batyskaf". Atrakcją batyskafu są wypełnione wodą bulaje, a także "peryskop", w którym obejrzeć można wigierskie pejzaże z różnych okresów historycznych.
W pierwszej sali na wyższej kondygnacji pokazany został świat nad brzegami Wigier. Przy wejściu na wystawę zainstalowano dioramę z żeremiem i tamą bobrową. Pełną informację o herbowym zwierzęciu Wigierskiego Parku Narodowego, ilustrowaną zdjęciami i klipami filmowymi zawiera prezentacja multimedialna, dostępna w monitorze z ekranem dotykowym. Przez środek sali prowadzi pomost, z którego można obejrzeć rozległą panoramę jeziora. Przyciski przy balustradzie pozwalają na odtworzenie głosów ptaków, których sylwetki są umieszczone w dioramie. Dodatkowych informacji o ptakach dostarcza prezentacja w ekranie dotykowym.
