Obszar zajmowany przez dzisiejszy Ogród Zoobotaniczny w Toruniu leży na terenie średniowiecznej osady flisaków i rybaków - Małe Rybaki. Posiadłość niemal do końca XIX w. była w dobrych rękach ogrodników - dzierżawców. Od 1965 r., za sprawą torunianina Arnberta Sadeckiego, zamieszkałego na stałe w Argentynie i zajmującego się obrotem zwierząt egzotycznych, zaczęto sprowadzać do Ogrodu pierwsze zwierzęta. Wybudowano pierwsze woliery dla ptactwa i wybiegi dla zwierząt. Sprowadzono m.in. lamy, papugę arę i jaka tybetańskiego. W zabytkowym budynku zwanym Willą Laegnera, która odrestaurowana została ze względu na unikalną, stuletnią boazerię, utworzono Galerię Sztuki Przyrodniczej. Miejsce to służy prezentacji różnych form sztuki ukazującej piękno przyrody, zarówno zdjęć, kolekcji znaczków, motyli, rzeźby, itp. Od maja 2002 roku również w ogrodzie można podziwiać egzotyczne gatunki ptaków i roślin. W siedmiu przestrzennych wolierach zamieszkały m.in. amadyny, ary, bawoliki, damy niebieskobrzuche turako i wiele innych niezwykle barwnych okazów. Szczególną atrakcję stanowią ary ararauny i tukany tęczodziobe.
W lutym 2012 roku Ogród Zoobotaniczny wyposażono w elementy małej architektury - stylowe ławki i kosze na śmieci w stylu romantycznym z XIX wieku, rozbudowano plac zabaw, zrekultywowano staw, utworzono wyspę i domek dla lemurów, wybudowano altanę dydaktyczną i fontannę oraz zagospodarowano fragment terenu za Ptaszarnią w stylu "ogrodu wiejskiego".
