Korzenie dzisiejszego Muzeum sięgają okresu międzywojennego. Od 1920 roku w ramach zakładu istniało Muzeum Historii Medycyny - drugie, po krakowskim, muzeum tego typu w Polsce. W skład zbiorów weszły przedmioty ofiarowane przez profesora Wrzoska - pomysłodawcy utworzenia muzeum na uczelni oraz inne osoby. Ekspozycja prezentowana jest w dwóch salach mieszczących się na dwóch poziomach. Zbiory muzealne stale się rozrastają - trafia do nich stary sprzęt medyczny przekazywany przez katedry i zakłady uczelni, a także przedmioty ofiarowywane przez życzliwe idei muzeum osoby prywatne. W ostatnim czasie muzeum wzbogaciło się między innymi o niemal kompletne wyposażenie gabinetu stomatologicznego z lat trzydziestych XX wieku, pamiątki po rektorze uczelni, profesorze Tadeuszu Kurkiewiczu, sprzęt protetyczny oraz dokumenty związane z pracą zawodową prekursora chirurgii plastycznej w Polsce, doktora Stanisława Michałka-Grodzkiego.
Kilkanaście najstarszych eksponatów muzealnych pochodziło z przedwojennych zbiorów profesora Adama Wrzoska - były to pamiątki po patronie uczelni Karolu Marcinkowskim, profesorze Stanisławie Antonim Juraszu oraz instrumentarium prof. Heliodora Święcickiego. Pozostała część zbiorów trafiła do zakładu w latach osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych dzięki staraniom profesora Romana Meissnera. Były to przedmioty związane z działalnością Akademii Medycznej, a także rozwojem polskiej i światowej medycyny.
