Eksponaty muzealne pozyskano z darowizn i depozytów pochodzących od wielkopolskich farmaceutów i ich spadkobierców oraz z Muzeum Farmacji Uniwersytetu Jagiellońskiego, a także w niewielkiej części z zakupów. Znaczna część eksponatów prezentowana jest w zabytkowej izbie dyspensacyjnej z przełomu XIX / XX wieku, przeniesionej z Miłosławia koło Wrześni. W eksponowanych zbiorach przedstawiono szereg naczyń aptecznych z drewna, białego i kolorowego szkła, kamionki oraz porcelany. Większość z nich pochodzi z przełomu XIX i XX wieku, a najstarsze z końca XVII stulecia. Zbiory obejmują również liczne moździerze żeliwne, w tym również pochodzące z XIX wieku, sprzęt laboratoryjny i utensylia apteczne. Muzeum posiada też fachowy księgozbiór liczący około 1200 woluminów, w tym również kilka starodruków. Muzeum udało się pozyskać sporą kolekcję naczyń aptecznych (drewnianych, kamionkowych, majolikowych, porcelitowych, porcelanowych i szklanych). Pochodzą one z okresu od końca XVII wieku do przełomu XIX i XX wieku. Muzeum posiada też sporo utensyliów aptecznych oraz urządzeń takich jak destylarki, prasy, tabletkarki oraz perkolatory. Uzbierała się również spora ilość opakowań aptecznych leków gotowych i recepturowych. Wśród tych ostatnich uwagę zwraca tekturowe pudełko z apteki w Głogowie z datą 7.VI.1890 roku oraz opakowanie z apteki pod Gwiazdą z niegdyś polskiego Stryja w dawnym województwie lwowskim.
Muzeum Farmacji w Poznaniu, zorganizowane z inicjatywy Sekcji Historii Farmacji Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego, rozpoczęło działalność w czerwcu 1989 roku. Pierwotnie Muzeum mieściło się w zabytkowej kamieniczce pod numerem 41 przy Starym Rynku. Eksponaty muzealne pozyskiwano z darowizn i depozytów pochodzących od wielkopolskich farmaceutów i ich spadkobierców oraz z Muzeum Farmacji Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie a także w niewielkiej części z zakupów. Organizację i urządzanie Muzeum finansowało PZF Cefarm. We wrześniu 1992 roku zbiory przejęła Wielkopolska Okręgowa Izba Aptekarska. Od 1996 roku Muzeum mieści się w nowej siedzibie przy al. Marcinkowskiego 11 w Poznaniu
