Muzeum powstało w 1945 roku. Siedzibą jest XIV-wieczny zamek gotycki, wybudowany dla administratora dóbr kapituły warmińskiej. Muzeum prezentuje zabytki z regionu Warmii i Mazur z zakresu archeologii, historii, numizmatyki, sztuki, rzemiosła artystycznego, piśmiennictwa, kultury ludowej. Niepowtarzalny charakter zbiorów tworzą m.in. kolekcje: rzeźby gotyckiej, malarstwa religijnego Warmii, portretu holenderskiego, wyrobów konwisarskich i ludwisarskich, grafiki współczesnej. Kolekcje te pięknie prezentują się we wnętrzach, które niegdyś służyły administratorowi dóbr kapituły warmińskiej. Największa sala ekspozycyjna to dawny refektarz z finezyjnym sklepieniem kryształowym z ok. 1520. Stała wystawa kopernikowska zlokalizowana jest w dwóch pomieszczeniach: na krużganku i sali będącej niegdyś prywatnym mieszkaniem administratora. W latach 1516-1521 funkcję administratora dóbr kapituły warmińskiej pełnił Mikołaj Kopernik. Do dziś na ścianie krużganka pozostała unikalna pamiątka po jego pobycie - własnoręcznie wykonana doświadczalna tablica astronomiczna z roku 1517, a w zbiorach biblioteki przechowywany jest inkunabuł medyczny z którego korzystał ten wybitny astronom.
