Muzeum jest najstarszą polską kolekcją botaniczną o charakterze muzealnym, związaną ściśle z działalnością naukową i dydaktyczną Uniwersytetu Jagiellońskiego. Zbiory przyrodnicze zaczęto gromadzić ok. 1780 r. Ekspozycja stała znajduje się w czterech salach (103 m2) w zabytkowych XVII-wiecznych wnętrzach na parterze Collegium Śniadeckiego. W pierwszych dwóch salach prezentowane są: Historia Ogrodu Botanicznego UJ (plany, ryciny, portrety, szafy biograficzne); drzewa i krzewy dziko rosnące oraz uprawiane w Polsce (fragmenty pni, próbki drewna, szafka dendrologiczna z 260 próbek krajowych i tropikalnych gatunków drzew. Sala trzecia (przybudówka z witrażem) "Rośliny nagozalążkowe", drzewa i krzewy szpilkowe w Polsce (szyszki, próbki drewna), ekspozycja szyszek różnych gatunków, Sagowce krakowskiego Ogrodu Botanicznego (szyszki makrostrobile, nasiona, fotografie), rośliny nagozalążkowe Ogrodu Botanicznego UJ.
W sali czwartej (największa, sześciokątna) eksponowane są: botanika tropikalna w Krakowie - wystawa eksponatów tropikalnych roślin z Jawy i sąsiednich wysp, Afryki, a także pnie palm i owoce z Ogrodu Botanicznego UJ. Zaprezentowane są zagadnienia botaniczne: tropikalne rośliny użytkowe, liany i epifity, dendroflora Jawy, pasożytnicze rośliny kwiatowe Jawy, typy rozsiewania roślin sawannowych, roślinność gór Afryki Wschodniej (pnie, owoce, nasiona, zielnik, wyroby rzemiosła ludowego).
