Muzeum powstało w 2002 roku, mieści się w Zamku Królewskim w Niepołomicach. Wzniesiony przez Kazimierza Wielkiego w połowie XIV w. zamek stał się królewską rezydencją określaną "drugim Wawelem". Bywali tu niemal wszyscy polscy władcy. W Niepołomicach odbywały się zjazdy koronne, sądy nadworne, nadawano przywileje, przyjmowano poselstwa, a przede wszystkim polowano w pobliskiej puszczy. Największy rozkwit dóbr królewskich i miasta przypada na okres panowania Zygmunta Starego i Zygmunta Augusta (XVI w.). W sali południowego skrzydła Zamku zaaranżowano gabinet Włodzimierza Puchalskiego (1909-1979), wybitnego fotografika i pioniera filmu przyrodniczego. W gabinecie znajduje się najważniejsza część kolekcji (dar Alany i Anny Puchalskich): 100 tysięcy negatywów, przeźrocza, fotogramy wystawowe, albumy i rękopisy.
Zamek królewski w Niepołomicach jest fundacją króla Kazimierza Wielkiego, wzniesioną w pierwszej połowie XIV wieku jako budowla obronna, a zarazem zamek myśliwski . Odbywały się tutaj zjazdy koronne, sądy nadworne, nadawano przywileje, przyjmowano poselstwa, a przede wszystkim polowano w pobliskiej puszczy. W XVI wieku zamek został przebudowany w stylu renesansowym i stał się królewską rezydencją określaną często "drugim Wawelem". Podczas najazdu Szwedów został spustoszony i stopniowo tracił swoje znaczenie. W latach 1991 – 2007 przeprowadzono gruntowne prace konserwatorskie, które przywróciły rezydencji królewskiej jej dawną świetność.
