Krakowskie Muzeum Farmacji powstało w 1946 roku. Kamienica, w której mieści się Muzeum została zbudowana w XV wieku. Stała ekspozycja Muzeum Farmacji jest rozmieszczona na wszystkich pięciu kondygnacjach, od piwnic począwszy, na strychu kończąc. W piwnicy ekspozycyjnej zgromadzone zostały przedmioty związane z pracą laboratoryjną dawnego aptekarza, takie jak miedziane aparaty destylacyjne, retorty i alembiki, filtry, tygle, prasy różnych typów do wyciskania soków i olejów, młynki. W dwóch salach pierwszego piętra na szczególną uwagę zasługują meble apteczne w stylu Empire, portrety pierwszych profesorów farmacji w krakowskiej Alma Mater. pierwszej z dwóch sal drugiego piętra prezentowane są dawne naczynia apteczne, pochodzące z różnych okresów historii, wykonane z drewna i cyny, szkła przeźroczystego i barwnego, fajansu i porcelany.
W oficynie Muzeum znajduje się biblioteka, w której przechowywane są dawne zielniki, antidotaria, farmakopee i inne druki związane z historią aptekarstwa, współczesne albumy i podręczniki z historii medycyny i farmacji, teki archiwalne, w których gromadzone są dokumenty i fotografie dotyczące wybitnych polskich farmaceutów, a także filmy i slajdy, które pod różnymi kątami ilustrują dzieje aptekarstwa polskiego i europejskiego.
