Muzeum jest jedyną tego rodzaju instytucją w Polsce upowszechniającą wiedzę o Polskim Państwie Podziemnym i jego siłach zbrojnych. Ideą Muzeum AK jest przedstawienie całościowego obrazu polskiego podziemia wraz z jego duchową genezą oraz kształtu jego dziedzictwa patriotycznego aż po współczesność. Dotychczas Muzeum zgromadziło niemal 7000 muzealiów oraz ponad 12000 archiwaliów – głównie darów Żołnierzy AK i ich rodzin rozsianych po całym świecie – pamiątek historycznych, często o charakterze eksponatów-relikwii; w zasobach bibliotecznych znajduje się około 11500 tomów. Na ekspozycję muzeum składają się materiały m.in. ze zbiorów Fundacji Muzeum Historii Armii Krajowej, Klubu Powstańców Warszawskich, Obszaru Lwowskiego Armii Krajowej, Fundacji im. Tadeusza Kościuszki i Muzeum Wojska Polskiego.
Wystawa stała zajmuje dwa poziomy muzeum. Na parterze prezentowana jest historia II Rzeczpospolitej, w podziemiach - narodziny i funkcjonowanie Polskiego Państwa Podziemnego, jego struktury cywilne i wojskowe. W sumie na 2,1 tys. m kw. powierzchni udało się wyeksponować kilkaset obiektów. Dopełnieniem ekspozycji są mapy, filmy i multimedia. Zwiedzający zobaczą m.in. rekonstrukcję niemieckiej tajnej broni - rakiety V2, czołgu Vickers oraz fragmentu kadłuba samolotu Halifax ze zrzutnią dla skoczków - emisariuszy i cichociemnych.
