Muzeum powstało 28 czerwca 1953 r. Gromadzi eksponaty związane z Marynarką Wojenną Rzeczypospolitej Polskiej. Muzeum posiada około 20000 eksponatów, w tym największą w Polsce kolekcje modeli okrętów, bander, proporców, napisów burtowych, dzwonów okrętowych, mundurów marynarskich, a także broni białej, palnej, uzbrojenia morskiego i innych urządzeń okrętowych. Posiada bogate zbiory około 700 unikalnych relacji i wspomnień personelu Marynarki Wojennej RP na przestrzeni 85 lat jej istnienia, około 500 teczek różnych materiałów historycznych poświęconych Marynarce Wojennej RP, to także 110 tzw. kolekcji osobistych oficerów i marynarzy. Muzeum posiada prawie 16000 zdjęć historycznych i współczesnych dotyczących życia Marynarki Wojennej RP i jej personelu.
Hitem wystawienniczym Muzeum jest wystawa pt. "W świecie dawnych żaglowców", która od 1996 r. wędruje po polskich muzeach, ciesząc się niesłabnącym, ogromnym zainteresowaniem. Do muzeum należy Okręt Muzeum ORP "Błyskawica"
