Muzeum powstało w 1998 roku przy Katedrze Zoologii Bezkręgowców Uniwersytetu Gdańskiego. Pierwszymi zbiorami Muzeum była prywatna kolekcja ofiarowana przez prof. dra hab. Ryszarda Szadziewskiego. Ekspozycja stała mieści się na piątym piętrze budynku Biologii, Geografii i Oceanologii. Muzeum może się poszczycić drugą (po Muzeum Ziemi PAN w Warszawie) pod względem liczebności kolekcją inkluzji w Polsce, liczącą prawie 13 tys. inkluzji zwierzęcych. Bezpłatnie można tu oglądać zatopione 40 mln lat temu fragmenty roślin i wymarłe stawonogi. Wystawę uzupełniają różne rodzaje żywic kopalnych, z uwzględnieniem subfosylnych oraz naturalne i barwne odmiany bursztynu bałtyckiego. Do najcenniejszych okazów zaliczane są dwie muszle ślimaka - jedyna gromada mięczaków, która zachowała się w bursztynie, i wylinka jaszczurki należąca do rzadkich w bursztynie bałtyckim inkluzji kręgowców.
Wystawa jest udostępniona do samodzielnego zwiedzania z wykorzystaniem multimedialnej prezentacji, która zawiera szczegółowe informacje o bursztynach i zachowanych w nich inkluzjach. Kolekcja inkluzji Uniwersytetu Gdańskiego jest intensywnie badana przez naukowców z całego świata. Na podstawie zbiorów UG powstało ponad 100 publikacji naukowych, a także filmy popularnonaukowe tworzone przez telewizje polskie i zagraniczne, w tym BBC z udziałem Sir Davida Attenborough.
