Od 1990 r. w zespole dawnego szpitala św. Ducha przy ul. Starej mieści się oddział Muzeum Mikołaja Kopernika. Jest to jedyny w Polsce budynek szpitalny, który zachował się w stanie z końca XVII w. W kaplicy szpitalnej odsłonięto wcześniejsze, XV-wieczne malowidła ze scenami Sądu Ostatecznego. Równie stare są dwa zachowane do dzisiaj piece dawnej łaźni. W szpitalu mieści się teraz Dział Historii Medycyny (jak wiadomo Kopernik był również lekarzem), a na jego tyłach urządzony został ogród botaniczny, w którym rosną zioła lecznicze (tzw. herbarium). Najcenniejsze elementy wystroju to: malowidło ścienne w kaplicy św. Anny, przedstawiające Sąd Ostateczny z początku XV w.; dwa piece łaziebne z początku XVw. - udostępnione do zwiedzania dzięki odkrywce archeologicznej; płyty epitafijne z XVII w. 4) ambona z XVIII w.
W salach szpitalnych mieści się ekspozycja nabytków Muzeum do powstającego działu historii medycyny oraz wystawa warmińskiej rzeźby i malarstwa XVII - XVIII w. Od strony południowej Muzeum otacza ogród - herbarium z uprawami ziół leczniczych.
