Muzeum powstało 2 maja 2005 roku, mieści się w Pałacu Biskupim. Obecnie Muzeum Ziemi Sejneńskiej składa się z sześciu tematycznych sal wystawowych. Najbardziej reprezentacyjna jest niewątpliwie sala dominikanów i biskupów sejneńskich. W niej dostojnicy kościelni przyjmowali przed laty swoich gości. Oprócz obrazów i litografii zachował się fotel, element wyposażenia dawnego Pałacu Biskupiego. Do najcenniejszych zbiorów należy renesansowa puszka na komunię świętą z przełomu XVI i XVII wieku. Uwagę zwiedzających przykuwają również ozdobna barokowa monstrancja z pierwszej połowy XVII wieku oraz pięknie zdobione kielichy i ampułki. W sali tradycji Wojska Polskiego nie mogło zabraknąć akcentów z Powstania Sejneńskiego oraz z życia batalionu Korpusu Ochrony Pogranicza i innych, walczących o wolność tej ziemi, formacji wojskowych.
Odrębne miejsce zajmuje gabinet archeologiczny z eksponatami wypożyczonymi z Muzeum Okręgowego w Suwałkach. W gablotach można zobaczyć fragmenty ceramiki i ozdób z czasów wędrówki ludów od I do VII wieku. Na szczególną uwagę zasługuje naczynie gliniane, znalezione przez archeologów w grodzisku w Posejnelach.
