Siedzibą Muzeum jest dawny klasztor franciszkański. Usytuowany na wysokiej nadwarciańskiej skarpie klasztor jest jednym z dominujących elementów panoramy miasta Pyzdry. Klasztor pyzdrski jest jednym z trzech zachowanych z okresu średniowiecza obiektów architektury franciszkańskiej w Wielkopolsce. Muzeum zostało utworzone w 1957 roku. Pomieszczenia zajmowane przez muzeum to refektarz , kuchnia klasztorna oraz piwnice. W maju, roku 1998, zwiedzającym muzeum udostępnione zostały odrestaurowane krużganki klasztoru wraz ze znajdującymi się w nich zespołem późnośredniowiecznych i barokowych fresków. Ekspozycja muzeum poświęcona jest dziejom miasta i okolic. Możemy tu zobaczyć prócz licznych zbiorów ceramiki archeologicznej, dwa skarby monet srebrnych z XI i XV wieku, pergaminowe dokumenty królewskich przywilejów dla miejscowych cechów rzemieślniczych, militaria z okresu powstania styczniowego.
Na skarpie, górującej nad doliną Warty, wznosi się pofranciszkański zespół klasztorny wraz gotyckim kościołem p.w. Ścięcia Św. Jana Chrzciciela. Budowle poklasztorne pochodzące z XIV i XVIII wieku są jedne z pięciu średniowiecznych założeń franciszkańskich w Wielkopolsce. Późnobarokowa fasada i wyposażenie wnętrza z 2 połowy XVIII w.; klasztor pierwotnie gotycki, był kilkakrotnie przebudowywany. W krużgankach klasztoru zachowały się średniowieczne freski oraz cykl osiemnastowiecznych malowideł poświęconych założycielowi zakonu świętemu Franciszkowi.
