Muzeum mieści się w zabytkowym budynku z końca XVIII w., tzw Opatówce, byłej siedzibie opata cystersów wągrowieckich. Wągrowieckie muzeum rozpoczęło działalność 1 października 1987 roku. Zgromadzone zbiory historyczne Muzeum Regionalnego w Wągrowcu obejmują dokumenty oraz realia. Do najcenniejszych należą dokumenty cechów rzemieślniczych z Wągrowca i Gołańczy od XVII do XX w., a wśród nich: dokument z 1658 roku potwierdzający przywileje cechowe dla mieszczan wągrowieckich, podpisany przez króla Jana Kazimierza; pisma, protokólarze, księga ewidencji członków cechu, świadectwa ukończenia nauki, listy wyzwolinowe. Zbiory etnograficzne obejmują przedmioty związane z życiem mieszańców wsi i miasteczek na terenie powiatu wągrowieckiego, rzadziej z innych części Pałuk. Największym zbiorem z zakresu kultury materialnej jest sprzęt rybacki, który przez ponad 50 lat służył rybakowi Janowi Lewandowskiemu z Wągrowca.
Muzeum zgromadziło oryginalną, liczącą ok. 280 obiektów kolekcję sztuki ludowej i amatorskiej o tematyce biblijnej. Obejmuje ona prace z zakresu rzeźby w drewnie, malarstwa na szkle, malarstwa sztalugowego i grafiki, których autorami są współcześni twórcy nieprofesjonalni z całego kraju.
