Muzeum gromadzi zabytki z zakresu archeologii i badań prowadzonych na terenie miasta i regionu (od epoki kamienia i żelaza po wczesne średniowiecze), a także w zakresie historii miasta, etnografii i sztuki. Bogate zbiory to m.in: zespoły zabytków pochodzące z badań archeologicznych prowadzonych na terenie całej Opolszczyzny, w tym wartościowy zespół zabytków z epoki kamienia; kolekcja starodruków oraz druki śląskie pochodzące niemal ze wszystkich ważniejszych śląskich oficyn wydawniczych, materiały plebiscytowe, dokumenty z okresu powstań śląskich; przykłady śląskiej sztuki gotyckiej ze słynną Madonną z Sadowa (1380), zbiór rzemiosła artystycznego, m.in. ceramika z manufaktur śląskich; przedmioty codziennego użytku, narzędzia rolnicze, zabytki z zakresu rzemiosła, bogaty zbiór z zakresu sztuki ludowej; okazy flory - zielniki roślin naczyniowych oraz zestaw roślin środkowej Europy, fauna - kolekcja owadów krajowych i zagranicznych. Muzeum Miejskie (niem. Stadtmuseum) zostało założone w Opolu w roku 1900. W 1932 roku zyskało status muzeum regionalnego i jego siedziba została przeniesiona do byłego kolegium jezuickiego, w którym mieści się do dzisiaj.
