Muzeum mieści się w celach byłego aresztu Gestapo. Muzeum posiada dużą kolekcję korespondencji więźniów zamku (listy, grypsy, karty pocztowe) oraz hitlerowskich obozów koncentracyjnych do których trafili, obwieszczeń i zarządzeń niemieckich z lat 1939-1944, dokumenty i pamiątki osobiste po byłych więźniach Zamku (dowody tożsamości, legitymacje, świadectwa szkolne, krzyże harcerskie, tarcze szkolne, fotografie rodzinne, zeszyty i podręczniki szkolne, a także materiał ikonograficzny Lublina z lat 1939-1944, a także archiwum fotograficzne byłych więźniów Zamku z lat 1939-1954. W zbiorach muzealnych znajduje się materiał dokumentujący działalność Klubu, Stowarzyszenia byłych Więźniów Politycznych Zamku i „Pod Zegarem” (21 tomów kronik z lat 1969-2000). Wystawy stałe: Historia więzienia na Zamku i domu "Pod Zegarem", Martyrologia młodzieży Lublina i harcerstwa Lubelszczyzny 1939-1945.
Budynek przy ul. Uniwersyteckiej potocznie zwany podczas okupacji „Pod Zegarem” został wybudowany w latach 1928-1930 z przeznaczeniem na siedzibę Urzędu Ziemskiego. Przed wojną w jego pomieszczeniach pracowało 150 urzędników stałych i ok. 100 pracowników sezonowych. Z chwilą przejęcia gmachu przez gestapo, w roku 1940 wnętrze jego zostało przebudowane i dostosowane do zadań i potrzeb Geheime Staatspolizei. Parter i piętra przeznaczone zostały na biura, gdzie m.in. przeprowadzane były przesłuchania. Natomiast piwnice od strony Uniwersyteckiej przebudowano tworząc w nich cele więzienne.
