Muzeum powstało w 1994 roku z inicjatywy Andrzeja Wajdy i Krystyny Zachwatowicz. Muzeum nie ma analogii, nie tylko w Polsce, ale także w Europie. Łączy dwie funkcje: czysto muzealną oraz funkcję aktywnego centrum kultury. Działalność muzeum jest zbieżna z rozumieniem roli współczesnej instytucji kultury, które staje się instytucją dynamiczną, wprowadza nowe, pozamuzealne formy aktywności, wykraczające poza tradycyjne gromadzenie, opracowywanie i udostępnianie zbiorów. Obecność w Muzeum Manggha bogatej kolekcji dawnej sztuki japońskiej ze zbiorów Muzeum Narodowego w Krakowie pozwala na wszechstronną prezentację tradycyjnej kultury Japonii. Kolekcja od początku istnienia Muzeum Manggha stanowi integralną część oferty, co oznacza, iż zawsze, gdy tylko jest to możliwe, wybrane ze zbiorów obiekty służą jako punkt wyjścia dla prezentacji konkretnych tematów związanych z japońską kulturą, sztuką i obyczajami.
Dziewiętnastoletni Andrzej Wajda miał możliwość zobaczyć wystawę sztuki japońskiej przygotowaną przez Niemców w 1944 roku w Sukiennicach. Pokazano ją z określonych względów: Japonia należała do państw Osi. Zachwycił się japońską sztuką: „Tyle jasności, ładu i poczucia harmonii nie widziałem nigdy – powie po latach – było to moje pierwsze w życiu spotkanie z prawdziwą sztuką”.
