Gromadzenie i kompletowanie kolekcji geologicznych rozpoczęto w 1919 r. wraz z powołaniem do życia Akademii Górniczej i utworzeniem w 1920 r. Zakładu Geologii Ogólnej i Paleontologii. W muzeum zorganizowano wystawy: Zjawiska krasowe, Geologia i bogactwa naturalne regionu krakowskiego, Surowce mineralne Polski, Geologia złóż, Paleontologia, Geologia dynamiczna, Geologia regionalna Polski oraz Geologia okolic Krakowa. Wystawy eksponowane są w korytarzach I i II piętra budynku A-0 w gmachu głównym AGH. Wystawa poświęcona paleontologii to 32 gabloty. Na wystawie pokazane są różne rodzaje skamielin oraz skamieniałe przejawy życia, takie jak ślady żerowania robaków, odchody (koprolity), ślady mieszkania, ślady ruchu organizmów dennych (hieroglify organiczne) i tropy gadów. W centrum, pomiędzy gablotami ustawiona jest naturalnej wielkości rekonstrukcja tarbozaura. Można zobaczyć również odlew gipsowy szkieletu kostnego ichtiozaura oraz szkielety koniowatych, mamutów i człowieka.
Wystawa "Złoża ropy i gazu" ilustruje proces powstawania ropy naftowej w skale macierzystej, jej migrację oraz rolę jaką pełnią skały zbiornikowe. Ukazuje również procesy prowadzące do powstania złoża: akumulację węglowodorów i warunki formowania się zbiorników ropy naftowej i gazu ziemnego. Wystawa "Złoża węgli" - to zarówno złoża torfów, węgli brunatnych jak i węgli kamiennych. Podano ich stratygraficzną pozycję i rozmieszczenie w świecie. Bogato zilustrowano najważniejsze polskie zagłębia: Górnośląskie Zagłębie Węglowe (Zagłębie Krakowsko-Śląskie), Zagłębie Lubelskie, kopalnię węgla brunatnego "Turów". Dla porównania można się zapoznać z Zagłębiem Donieckim i Zagłębiem Ruhry.
