Miejscem ekspozycji zbiorów jest Zespół Przedbramia ulicy Długiej (tzw. Barbakan Gdański). Na sale wystawowe Muzeum Bursztynu zostały zaadaptowane wszystkie piętra Wieży Więziennej. Ekspozycje obrazują historię rzemiosła bursztynowego od czasów najdawniejszych do współczesności. Jantar przedstawiony został w różnych aspektach: geologicznym, fizycznym, chemicznym i przyrodniczym. Zobaczyć można pokłady surowca, jego wydobycie, historię szlaków handlowych, tradycję bursztynu, jako środka leczniczego, kamienia magicznego oraz materiału badawczego i artystycznego. Kolekcja opracowywana jest tradycyjnymi metodami oraz multimedialnie, z przeznaczeniem dla informatycznej bazy danych oraz w celach edukacyjnych. Jednym z ciekawszych eksponatów jest inkluzja zwierzęca Jaszczurki Gierłowskiej. Okaz jaszczurki datowany jest na ponad 40 milionów lat.
Podstawowym zadaniem Muzeum Bursztynu jest zrealizowanie wystawy stałej i utworzenie ekspozycji czasowej, dzięki której gdańska kolekcja bursztynu będzie mogła być prezentowana na całym świecie. Ekspozycje obrazują historię rzemiosła bursztynowego od czasów najdawniejszych do współczesności.
