Siedzibą muzeum jest wieża ratuszowa. W dolnych partiach datowana na wiek XV wiek, rozbudowywana w XVI i XVII wieku. Zdecydowana większość zbiorów Muzeum związana jest z historią Pułtuska. Są to przede wszystkim zabytki pochodzące z wykopalisk archeologicznych, ale także różnego rodzaju dokumenty i mapy. Najcenniejszą i największą kolekcją w muzeum są zabytki archeologiczne pozyskane w czasie wykopalisk w latach 1978-1989 na Wzgórzu Zamkowym. Zbiór liczy około 6 tysięcy eksponatów. Z myślą o zwiedzających ekspozycja została wzbogacona różnymi planszami, planami i mapami, dzięki którym łatwiej oczyma wyobraźni zobaczyć przeszłość. Pułtuskie muzeum jest znane w Polsce, a nawet i w świecie ze zbioru meteorytów - jest to jedna z większych atrakcji. Ze względu na miejsce upadku meteorytowi nadano nazwę pułtuski. Meteoryt ten spadł w okolicy Pułtuska 30 stycznia 1868 r.
W Muzeum można zobaczyć krótki film na temat grodu, jego kształtowania się i zmian w jego wyglądzie.
