Muzeum gromadzi zbiory archeologiczne, historyczno-artystyczne, etnograficzne, dokumenty, druki, korespondencje,fotografie. Wśród eksponatów archeologicznych na uwagę zasługują: czaszka tura znaleziona na torfowisku w Wielu, popielnica twarzowa, a także część zabytków pozyskanych w trakcie badań archeologicznych na terenie grodziska przy Placu Zamkowym (wśród nich drewnianą rurę wodociągową, zabawki, fragmenty obuwia, wyroby szklane i metalowe). Muzeum posiada bogatą, bo liczącą kilkaset obiektów, kolekcję pocztówek pokazujących Nakło nad Notecią od ostatniej dekady XIX wieku do czasów nam współczesnych. Są to zarówno pocztówki wykonane techniką litografii, jak i fotografii czarno-białej, czarno-białej kolorowanej i kolorowej. Wśród zabytków etnograficznych na uwagę zasługuje drewniana skrzynia wianowa z 1827 r.
Muzeum Ziemi Krajeńskiej prowadzi szeroką działalność kulturalną, organizując m.in. przeglądy folklorystyczne oraz konkursy plastyczne i wiedzy historycznej.
